С именем Эдуарда Дмитриевича связана целая эпоха в истории ВМФ. Балтин служил на Северном, Тихоокеанском и Черноморском флотах. Под его командованием в 1981 году в рамках военно-морских учений в арктических широтах были проведены первые пуски баллистических ракет с борта находившихся подо льдами подводных лодок. 
В декабре 1992 года, после долгих консультаций между Россией и Украиной, Балтин был назначен командующим Черноморским флотом. В этой должности он участвовал в миротворческих акциях и урегулировании военного конфликта между Грузией и Абхазией. 
На долю адмирала выпала миссия раздела Черноморского флота на российскую и украинскую части, разрешение конфликтов в среде личного состава, когда офицеры, приносившие присягу СССР, были вынуждены выбирать между Россией и Украиной. С августа 1992 Черноморский флот существовал как объединённый. При Балтине разрабатывались и подписывались двусторонние соглашения о временном пребывании Черноморского флота России на Украине, которые затем легли в основу создания Черноморского флота РФ и ВМС Украины с раздельным базированием на территории Украины.
В сложный период раздела Черноморского флота именно Балтин приложил значительные усилия для поддержания боеспособности кораблей и экипажей.